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重磅|真迈生物×112net永利|中国有限公司联合发布DNA酶切建库试剂盒病原评测数据

最近,112net永利|中国有限公司和真迈生物强强合作,以模拟病原微生物的标准品为样本,联合发布翌圣DNA酶切建库试剂盒在GenoLab MNextSeq 5系列测序平台上病原评测数据。

本次标准品涉及G+、G-、真菌共10种微生物,并模拟不同浓度人源核酸背景干扰,较为全面评价该试剂盒在两个平台上对不同类型、不同比例病下原微生物的检出能力。结果表明,112net永利|中国有限公司提供的DNA酶切建库试剂盒在真迈生物GenoLab M测序平台和NextSeq 5系列测序平台均表现稳定,且一致性较高。

01 测试方案

1、测试用样本:

(1) 病原微生物标准品:ZymoBIOMICS™ Microbial Community DNA Standard(Zymo Research),该标准品由三种革兰氏阴性菌,五种革兰氏阳性菌和两种酵母菌组成,菌种GC含量32%~ 66%,目前被广泛用于微生物组学和病原微生物工作流程的验证,优化和质量控制。

表1 病原微生物标准品菌种构成

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图1 病原微生物标准品的GC含量分布

(2) 人源基因组标准品:NA12878

 

2、建库试剂盒(低背景版):

Hieff NGS® OnePotⅡ DNA Library Prep Kit (Yeasen)

3、测试平台:

GenoLab M、NextSeq 5系列

4、测试实验:

在ZymoBIOMICS™ Microbial Community DNA Standard中掺入不同比例的NA12878人源gDNA形成模拟样本,基于Hieff NGS® OnePotⅡ DNA Library Prep Kit试剂盒构建模拟样本文库(表2)。构建好的文库分别在GenoLab M(下文简称GL)、NextSeq 5(下文简称NS)系列测序平台上进行测序。

 

表2 测试方案

模拟样本

人源宿主比例

文库数

分析策略

测序平台

Zymo

0%

3

  SE75, 1M reads

GenoLab M

NextSeq 5系列

Zymo_9

90%

3

  SE75, 20M reads

GenoLab M

NextSeq 5系列

Zymo_99

99%

3

  SE75, 20M reads

GenoLab M

NextSeq 5系列

Zymo_999

99.9%

3

  SE75, 20M reads

GenoLab M

NextSeq 5系列


02 测试结果

1、GenoLab M 测序结果与Control一致性高

 

3a.jpg

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2 不同人源宿主比例下菌种的相对丰度

 

结论:病原微生物样本中的病原体含量是影响病原体准确检出的关键因素之一。如上图所示,在不同微生物比例(0.1~100.0%)的病原微生物模拟样本中,GenoLab M检出的菌种相对丰度与Control一致性高(图2a、b)。此外本数据表明,翌圣该建库试剂盒对不同类型、不同比例下病原微生物有着不错的检测潜力。

2、GenoLab M 测序结果与对比平台一致性高

 

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图3 菌种RPKM定量一致性

结论:对GenoLab M 与NextSeq 5系列检出的菌种RPKM(Reads Per Kilobase of genome per Million mapped reads)值进行相关性分析:GenoLab M平台内一致性≥0.99,两平台间一致性≥0.98。此外本数据表明,翌圣该建库试剂盒能完美兼容两个测序平台。

总结:Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit低背景版不同平台上,对病原相对丰度检出吻合标准品真实组成,且在不同平台间检出率一致性较高、检测灵敏度和重复性好,能够满足mNGS测序需求。


03 产品介绍

Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit(低背景版)采用高质量的片段化酶,片段化/末端修复/加A一步完成,显著降低了建库时间和成本。此外,试剂盒采用强扩增效率的高保真酶,显著提高文库质量及产量,适用于500 pg-1μg的gDNA、全长cDNA、FFPE DNA建库。最后,基于人、机、料、法、环各个环节严苛控制,保证试剂背景菌极低残留,特别适用于病原DNA样本的建库,经测序验证,不同GC含量的样本,均可获得不错的测序结果,文库覆盖度高,均一性好,偏好性低。

 

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图4  Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit 建库流程

 

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图5 两个批次试剂盒(C、S),小牛胸腺DNA,500 pg、1μg低背景残留

 

产品订购

1)建库试剂

Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit(低背景版)订购,更多详情敬请咨询112net永利|中国有限公司各地销售经理

2)仪器和测序试剂

GenoLab M 基因测序仪(SQ00003)、GenoLab M 测序试剂盒(S000041/S000015/S000016),更多详情敬请致电真迈生物:400-822-3660

112net永利|中国有限公司作为上游原料厂商,将继续保持开放合作姿态,深化和真迈生物合作,整合双方优势资源,在更多元和更宽广的应用领域中一起推动高通量测序技术的发展创新,赋能产业发展,共同建设开放的行业生态,为客户创造价值。