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琼脂糖凝胶电泳,PCR结果呈现者

琼脂糖凝胶电泳实验原理

琼脂糖凝胶电泳是用琼脂糖作支持介质的一种电泳方法,常用于DNA 切胶回收,DNA 分离和用于佐证DNA 是否重组、质粒等是否切开。

琼脂糖凝胶电泳的分析原理与其他支持物电泳最主要区别是它兼有“分子筛”和“电泳”的双重作用。作为分子筛的琼脂糖凝胶具有网络结构,物质分子通过时会受到阻力,不同大小的DNA分子带电情况不同,在电场中受力也不同,因此从负极向正极迁移的速度不同。大分子物质在涌动时受到的阻力大,因此在凝胶电泳中,带电颗粒的分离不仅取决于净电荷的性质和数量,而且还取决于分子大小,这就大大提高了分辨能力。

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(网上的图片)

如何跑好琼脂糖凝胶电泳?这3项必备:琼脂糖、核酸染料、DNA marker。

● 琼脂糖——虽然我不甜,但还是想要你宠我

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琼脂糖(Agarose)是纯化的线性半乳聚糖亲水胶体,提取自琼脂或者含琼脂的海藻,结构上是一种线性聚合物,由β-D-吡喃半乳糖(1-4)连接3,6-脱水α-L-吡喃半乳糖基构成。琼脂糖的基本参数,包括: 

1) 硫酸盐含量(sulfate content)——纯度指标;
2)凝胶强度(gel strength)——施加于凝胶使之断裂的外力;
3)胶凝点(Gel point)——水溶性琼脂糖溶液冷却后形成凝胶时的温度;
4)电内渗(EEO)——液体穿透凝胶的一种电动运动。琼脂糖凝胶内的阴离子基团吸附在基质上不会发生迁移,但是解离的阳离子就会朝负极迁移,从而产生电渗。由于生物聚合物的电泳迁移通常是朝负极运动,则EEO产生的内部对流会干扰分离效率。


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注:图示为翌圣琼脂糖10208ES60产品展示图。

所以,根据琼脂糖的基本参数,可靠的琼脂糖凝胶应该胶孔清晰、胶体不易断,具备纯度高(硫酸盐含量低)、凝胶强度大、胶凝点相对高(常温条件下凝固快)、电内渗低等特点。不同大小的目的片段也对应着不同大小的琼脂糖浓度,根据高浓度适合分离小片段原则,可参考下表找到合适自己的最佳胶浓度。

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● 核酸染料——无毒无公害,核酸尽显形

琼脂糖凝胶电泳必然离不开核酸染料的加持,溴化乙锭(Ethidium bromide,EB)是应用最早的、最成熟的核酸染料,并且由于其价格便宜、灵敏度高,早期被实验者广泛应用。但其分子量小,很轻易就能穿透细胞膜,属于诱变剂,具有高致癌性,对人体潜在危害非常大。实验者使用时需要谨慎再谨慎,另外,单独的EB区占用了实验室的大块空间,废胶、废液的处理费时、费力又费钱,以及不小心碰到EB区的东西可能再也不能重见天日了,真是让人又爱又恨。

随着技术的发展,人们对健康与环境安全的重视,无毒核酸染料应运而生。

 

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那么,市面上宣称的无毒核酸染料真的无毒么?除了无毒还有什么优势呢? 带着这些问题,可以参考翌圣YeaRed,一款替代EB的安全无毒核酸染料,来作为选择依据。

YeaRed是112net永利|中国有限公司研发的一种新型无毒核酸染料,具有独特的油性大分子结构,不能穿透细胞膜进入细胞内,不易挥发升华,人体不会吸入,从而保证了实验者安全。另外,YeaRed核酸染料进行了Mini-Ames试验,检测结果为阴性,即在凝胶染色浓度下YeaRed核酸染料无毒性。(具体检测报告可向我公司技术咨询)

产品性能测试

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图1. 核酸染料YeaRed的琼脂糖凝胶电泳图。电泳条件:120 V,30 min。样品为2000 DNA Marker,1-5上样量分别为1-5 uL。

客户反馈

★复旦大学

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图2. 核酸染料YeaRed的琼脂糖凝胶电泳图。电泳条件:120 V,30 min。Marker:DS2000。目的片段:550 bp。

★中国医学科学院血液学研究所        

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图3. 核酸染料YeaRed的琼脂糖凝胶电泳图。电泳条件:150 V,30 min。2%琼脂糖胶。 Marker:2000 DNA Marker。目的片段:350 bp。

● DNA Marker——琼脂糖凝胶电泳标尺

DNA Marker是分子量不同的DNA片段的组合,主要用途为DNA分子凝胶电泳时,与样品共同加入凝胶中进行电泳分离,通过样品条带与DNA Marker对应条带大小及亮度的对比,可以粗略估算样品DNA分子量的大小以及在溶液中的浓度。

目前112net永利|中国有限公司DNA Marker分子量大小范围覆盖了从50 bp到15 kb的DNA片段,符合绝大多数实验需求。

产品特点

1、稳定性强,可在室温保存3-6个月;

2、背景干净、带型稳定、大小精准;

3、含指示带,各条带浓度已知,便于定位及半定量分析;

4、已含上样缓冲液,可直接电泳,方便快捷;

5、附有5×loading buffer,可供样品加样使用。

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使用翌圣核酸电泳系列产品已发表的部分文献

[1]. Liu C, Zou G, et al. 5-Formyluracil as a Multifunctional Building Block in Biosensor Designs[J]. Angew Chem Int Ed Engl. 2018 Jul 26;57(31):9689-9693.(IF 11.992)

[2]. Lin Q, Ye X, Yang B, et al. Real-time fluorescence loop-mediated isothermal amplification assay for rapid and sensitive detection of Streptococcus gallolyticus subsp. gallolyticus associated with colorectal cancer[J]. Analytical and bioanalytical chemistry, 2019, 411(26): 6877-6887.(IF6.35)

[3]. Lin Q, Ye X, Huang Z, et al. Graphene Oxide-Based Suppression of Nonspecificity in Loop-Mediated Isothermal Amplification Enabling Sensitive Detection of Cyclooxygenase-2 mRNA in Colorectal Cancer[J]. Analytical chemistry, 2019.(IF6.35)

[4]. Wang W, Nie A, Lu Z, et al. Catalytic hairpin assembly-assisted lateral flow assay for visual determination of microRNA-21 using gold nanoparticles[J]. Microchimica Acta, 2019, 186(9): 661.(IF5.479)

[5] Cheng H, Fan X, et al. Cyclodextrin-Based Star-Like Amphiphilic Cationic Polymer as a Potential Pharmaceutical Carrier in Macrophages[J]. Macromol Rapid Commun. 2018 May 28:e1800207.(IF 4.441)


相关产品订购信息

产品定位

产品名称

产品货号

规格

琼脂糖

Agarose琼脂糖

10208ES60

100 g

无毒核酸染料

YeaRed Nucleic Acid Gel Stain (10,000× in Water)

10202ES76

500 μL

DNA Marker

GoldBand DL2000 DNA Marker

10501ES60

100 T

GoldBand DL5000 DNA Marker

10504ES60

100 T

GoldBand DL10,000 DNA Marker

10505ES60

100 T

GoldBand 100bp DNA Ladder

10507ES60

100 T

GoldBand 1 kb DNA Ladder

10510ES60

100 T

GoldBand Full-Scale DNA Ladder

10511ES80

1 ml

GoldBand DL15000 DNA Marker

10512ES60

100 T

GoldBand 50 bp DNA Ladder

10515ES60

100 T

GoldBand 100 bp plus DNA Ladder

10516ES60

100 T

GoldBand 200 bp DNA Ladder

10517ES60

100 T

GoldBand 500 bp DNA Ladder

10518ES60

100 T